Фамилия Бабтенко — характерный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и Слобожанщине как основной патронимический показатель (то есть «сын такого-то»). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинские на -енко долгое время оставались полуфамилиями-полуотчествами и фиксировали не столько сословную принадлежность, сколько родство по отцу.

Основа Бабт- — сокращённая форма от имени Бабат, которое, в свою очередь, является вариантом крестильного имени Вавила (от греческого Вавилон). В народном произношении начальное «в» могло отпадать, а «а» под ударением переходить в «о»: Вавила → Бавила → Бабта. Такая редукция характерна для южнорусских и украинских говоров, где «а» после мягкого согласного нередко звучала как «я», но в безударной позиции стягивалась. Впрочем, не исключено и прямое прозвище Бабта — от глагола «бабтать» (пачкать, месить грязь) или от диалектного «бабта» (неповоротливый человек). Однако патронимический суффикс -енко указывает, что имя отца было именно личным, а не прозвищным: сын Бабты — Бабтенко.

Географически фамилия распространена в центральных и восточных областях Украины, особенно в Черкасской и Полтавской областях, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В XIX веке носители фамилии встречались в основном среди крестьян и казаков — суффикс -енко в те времена почти не проникал в дворянскую среду, оставаясь маркером простонародья.

Интересная деталь: в ревизских сказках XVIII века фамилия могла записываться с двойным «т» — Бабттенко, что отражало живую произносительную норму (с энергичным произнесением взрывного «т»). Со временем написание упростилось, но в некоторых старых метрических книгах ещё можно встретить эту архаичную форму.