Фамилия Бабужина — женская форма фамилии Бабужин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «дочь или жена Бабужи». В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Бабужа.

Что означает слово «бабужа»? Здесь возможны две версии. Первая, более вероятная — диалектное или просторечное прозвище, связанное с корнем «баб-» (бабушка, женщина). В русских говорах «бабужа» могло означать женоподобного мужчину, подкаблучника или, наоборот, того, кто постоянно находится при бабушке-воспитательнице. Такие прозвища давали в насмешку или для указания на характер. Вторая версия — от тюркского корня, где «баба» означает «отец, дед», а суффикс -ужа мог придавать уменьшительное или уничижительное значение (например, «бабужа» — «старикашка»). Однако эта гипотеза менее убедительна для центральной России, где фамилия встречается чаще.

По географии фамилия редкая, её очаги — в основном в Поволжье и на юге Нижегородской области. Это не дворянская фамилия: суффикс -ин с основой-прозвищем характерен для крестьянской и мещанской среды. Предки Бабужиных, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими фамилию от уличного прозвища. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от полных церковных имён, Бабужин — прозвищная фамилия, что говорит о её более позднем закреплении (XVII–XIX века).

Написание с одной «ж» (Бабужин, а не Бабужжин) подтверждает, что основа заканчивается на шипящий, и суффикс -ин добавляется без изменений. Фамилия не имеет отношения к слову «бабуля» — это другое образование, с другим суффиксом.