Фамилия Бадюков — типичный пример русской фамилии на -ов, образованной от прозвища или имени Бадюк. В центре внимания здесь основа, и с ней не всё однозначно. Самая прямая версия — диалектное слово «бадюк» или «бадяга»: в южных и западных говорах так называли речную губку, а также — в переносном смысле — вялого, медлительного человека. Прозвище могли дать за неторопливость или за внешнее сходство с чем-то мягким, бесформенным, как пресноводная губка.

Менее очевидный, но возможный вариант — связь с украинским или белорусским «бадюля» (нечто плохое, дрянное, а иногда и просто «батька» в искажённой форме). Если так, то прозвище носило либо отрицательный оттенок, либо, наоборот, было шутливым. Третья версия — от имени Бадей или Бадя, уменьшительной формы от таких имён, как Богдан, Борис или Вадим. В этом случае Бадюк — это «сын Бади», а Бадюков — «внук» или «человек из рода Бадюков».

Суффикс -юк характерен для украинской и белорусской антропонимии, но фамилия с ним на -ов — уже русская адаптация. Такая модель говорит о том, что предок носителя фамилии мог быть выходцем с запада России, из Белоруссии или Малороссии, а затем фамилия «обрусела» через добавление типичного русского суффикса принадлежности.

Географически фамилия Бадюков встречается преимущественно на юге России и в Поволжье, реже — в центральных областях. В дореволюционных переписях она не была распространена широко, что указывает на её локальное происхождение, скорее всего, из одной или нескольких крестьянских общин. Сословно предки, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — никаких указаний на дворянство эта фамилия не несёт.

С точки зрения словообразования фамилия проста: корень бадюк- и патронимический суффикс -ов. Ударение почти всегда падает на второй слог: Бадю́ков.