Фамилия Багдулин происходит от тюркского имени Багдула (варианты — Багдаул, Багдаулет), что в переводе означает «счастье государства» или «богатство страны». Корень здесь — «баг/бак» (богатство, счастье) и «дула/даулет» (государство, власть). Такие составные имена были распространены у тюркских народов, особенно у татар, башкир и казахов, где имя должно было принести ребёнку удачу и высокое положение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Багдулин — это «сын Багдулы» или «из рода Багдулы». В русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а/-я, поэтому тюркское имя Багдула легко вписалась в эту модель. Интересно, что ударение в фамилии может падать как на второй слог (Багду́лин), так и на третий (Багдули́н) — оба варианта встречаются, хотя второй ближе к тюркскому произношению.

Встречается фамилия преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — регионах, где издавна живут татары и башкиры. Многие носители фамилии — потомки служилых татар или крещёных инородцев, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по отчеству. Документально фамилия фиксируется с середины XIX века: например, в метрических книгах Оренбургской губернии встречаются записи о Багдулиных из числа государственных крестьян.

Стоит отличать Багдулина от фамилии Багдалов — та образована от имени Багдал (арабского происхождения, от «багдад»). У Багдулина же основа чисто тюркская, без арабского влияния. В редких случаях возможна версия, что фамилия происходит от прозвища Багдула (от тюркского «багду» — «смотрящий, наблюдающий»), но это менее вероятно: личные имена в тюркской ономастике встречаются чаще прозвищ.