Фамилия Багдуева — женская форма, а её мужской вариант — Багдуев. В основе лежит имя или прозвище Багду, которое восходит к тюркскому слову «баг» — сад, виноградник. В тюркских языках, особенно в кумыкском и ногайском, «баг» означает сад, а суффикс «-ду» указывает на обладателя: Багду — «имеющий сад», «садовник». Такая модель словообразования (основа + аффикс принадлежности) типична для тюркских фамилий, особенно на Кавказе и в Поволжье.

Фамилия распространена среди народов Дагестана, в первую очередь у кумыков и даргинцев. Географически чаще всего встречается в Буйнакском, Хасавюртовском и Карабудахкентском районах. В русских метрических книгах XIX века фамилию фиксировали в формах Багдуев, иногда Багдуевъ — с твёрдым знаком на конце, что указывает на дореволюционное происхождение записи.

Суффикс «-ев» (а не «-ов») — не случайность. В тюркских фамилиях, адаптированных русской административной системой, выбор суффикса часто зависел от конечного звука основы. Поскольку основа Багду заканчивается на гласный «у», по правилам русской грамматики присоединяли именно «-ев». Это отличает фамилию от, скажем, Багдасаров (с армянской основой) или Багров (с чисто русским корнем).

Встречается и вариант Багдуева с ударением на первый слог — Бáгдуева, что фиксируется в современных телефонных справочниках Дагестана. Второй вариант ударения — на последний слог — характерен для носителей, переселившихся в центральные регионы России.

Сословно предки Багдуевых в основном относились к свободным крестьянам-общинникам, реже — к узденям (сословие воинов у кумыков). Дворянских корней у фамилии нет, что подтверждается отсутствием в родословных книгах Российской империи.

Если копать глубже, возможна и вторая, менее очевидная версия: Багду могло быть уменьшительной формой арабского имени Багдат (благословенный) или Багдаур (могущественный), но тогда фамилия должна была писаться с окончанием «-ов» — Багдатов. Поэтому версия с «садовником» надёжнее.