Фамилия Бахарэр — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Если отбросить случайные или единичные написания, то наиболее вероятная основа — тюркское слово «бахар» (весна) или «бахр» (море, от арабского через тюркское посредство). Второй компонент «-эр» может быть искажённым окончанием или частью сложного слова. Однако, скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или профессионального звания, занесённого в русскую среду из языков Кавказа или Средней Азии.

Словообразовательная модель фамилии нетипична для славянских суффиксов. В ней нет привычных -ов, -ин или -ский. Окончание -эр (или -ер) может указывать на арабское или персидское влияние: например, «бахар» + суффикс принадлежности или деятеля. В таком случае Бахарэр — это «весенний», «относящийся к весне» или, если корень «бахр», — «морской», «мореход». В тюркских языках «бахар» также может означать «пряность» (от персидского «бахар» — пряность), и тогда прозвище мог получить торговец специями или человек с острым, «пряным» характером.

Есть и другая, менее очевидная версия: фамилия могла возникнуть как русифицированная форма еврейской фамилии, восходящей к ивритскому корню, означающему «избранный» или «сияющий». Однако для этого нет прямых лингвистических подтверждений, и версия с тюркским или персидским источником выглядит убедительнее.

Географически фамилия Бахарэр встречается крайне редко, и её следы стоит искать в регионах исторического соседства с тюркскими народами — на юге России, в Поволжье, в Закавказье. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком, получившим прозвище за связь с весной, морем или торговлей пряностями, а при переходе в русскую среду фамилия закрепилась в краткой, нехарактерной для славянской ономастики форме.