Фамилия Бахаруева — женская форма от Бахаруев, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. Основа здесь — «бахарь» или «баха́рь». В старых русских говорах, особенно северных и сибирских, бахарем называли краснобая, говорливого человека, рассказчика сказок и небылиц. Слово это напрямую связано с глаголом «ба́ять» — говорить, сказывать. Прозвище Бахарь давали либо профессиональному сказителю, либо просто любителю поговорить, тому, кто «ба́ет». Следовательно, Бахаруев — буквально «сын Бахара», потомок человека с таким прозвищем.

Суффикс -уев в этой фамилии стоит особого внимания. Он нехарактерен для центральных великорусских областей, где преобладает -ов/-ев (Бахарев). Формант -уев типичен для северных территорий, особенно для Архангельской, Вологодской губерний, а также для Урала и Сибири, куда переселялись северяне. Он мог возникнуть из местного произношения: в говорах «Бахарь» могло звучать как «Бахарь», и притяжательное прилагательное образовывалось по модели «чей?» — Бахарюев, а затем «ю» стянулось в «у». Это же явление мы видим в фамилиях Козулин, Собакин, где основа на мягкий согласный дала нестандартное окончание.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «бахыр» (медь) или «бахадур» (богатырь). Однако фонетический облик «Бахаруев» с ударением на втором слоге (Баха́руев) и явная русская словообразовательная модель (суффикс -уев) указывают на славянскую этимологию. Если бы фамилия была тюркской, она скорее сохранила бы форму Бахыров или Бахадыров. Таким образом, наиболее надёжное объяснение: предки Бахаруевых — это потомки некоего Бахара, мастера устного слова или просто говорливого человека, жившего в северных русских землях.