Фамилия Баклажанская образована от прозвища Баклажан. В основе лежит название овощной культуры — баклажан (лат. Solánum melongéna), вида многолетних травянистых растений рода Паслён. В южных районах России баклажаны чаще называли «синенькими», а в арабском мире — «бадриджан». Русское слово «баклажан» пришло из турецкого языка, куда попало через арабское al-badhinjan.

Само прозвище Баклажан могли дать торговцу овощами или человеку, который особенно любил блюда из баклажанов. В диком виде баклажан произрастал в Восточной Индии, но окультурили его более 1500 лет назад в Китае и Центральной Азии. В Европу и Африку овощ попал благодаря арабам.

Суффикс -ск- в фамилии Баклажанская указывает на типичную модель образования польских, украинских и русских дворянских или шляхетских фамилий. Однако в данном случае фамилия могла возникнуть и в среде крестьян или мещан, где такой суффикс нередко указывал на принадлежность к определённому селу или местности. Возможно, предок носителя фамилии был выходцем из поселения с названием вроде Баклажаны или Баклажановка, где выращивали эту культуру или где прозвище Баклажан закрепилось за целым родом.

Позже прозвище Баклажан, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, дав начало фамилии Баклажанская.