Фамилия Баклажанский — редкий пример, когда в основе фамилии лежит не личное имя, не профессия, а название овоща, причём с чёткой географической привязкой. Формально это типичная «географическая» фамилия на -ский, но в данном случае суффикс указывает не на название населённого пункта, а на прозвище главы рода — Баклажан. Такая модель (прозвище + -ский) встречается у фамилий, которые складывались в среде духовенства или в польско-украинском пограничье, где -ский было показателем шляхетского или просто «благородного» звучания. Впрочем, не исключено, что Баклажанский — это семинарская фамилия, данная ученику за цвет волос, смуглую кожу или любовь к определённому блюду: в духовных училищах нередко «переводили» бытовые прозвища на лад польских фамилий.

Прозвище Баклажан восходит к названию овоща — баклажан (лат. Solánum melongéna), который в южных областях России до сих пор называют «синенькими». Русское слово «баклажан» — долгий путешественник: оно пришло из турецкого, куда попало через арабское al-badhinjan, а в арабский — из персидского. Родина баклажана — Восточная Индия, где его окультурили более полутора тысяч лет назад, затем он попал в Китай и Центральную Азию, а в Европу его завезли арабы. Так что носитель прозвища Баклажан мог быть либо торговцем, который вёз этот южный товар на север, либо просто большим любителем блюд из него — в говорах такое прозвище могло закрепиться и за смуглым человеком («тёмный, как баклажан»).

Поскольку фамилия редкая и не фиксируется в массовых списках дворянских родов, её носители, скорее всего, происходили из крестьян или мещан южных губерний — там, где баклажаны были привычной пищей, а не диковинкой. Со временем прозвище Баклажан, присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его в быту и документах, а суффикс -ский придал фамилии «книжный» оттенок, поднимая её над простыми прозвищными фамилиями на -ов/-ев.