Фамилия Баклажова образована от прозвища Баклажан. Вопреки ожиданию, связь с овощем не прямая, а скорее переносная. В русских говорах «баклажаном» называли не только растение, но и невысокого, коренастого человека — то есть прозвище описывало внешность, а не профессию или характер. Обычно такие прозвища давали по сходству формы или осанки: круглый, плотный, приземистый. По другой, менее вероятной версии, прозвище могло относиться к человеку, торговавшему баклажанами или выращивавшему их, но для центральной России XVII–XVIII веков, где фамилия закрепилась, это растение было редкостью, поэтому бытовое прозвище по внешности выглядит правдоподобнее.

Модель образования типична для русских фамилий: основа Баклажан плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Баклажана). Окончание -а выдаёт женскую форму, но в бытовом употреблении так часто записывали всю семью через жену или вдову: «Баклажова» значило «жена Баклажана». В документах XIX века фамилия встречается в южнорусских регионах — Воронежской, Тамбовской и Курской губерниях, где диалектное слово «баклажан» в значении «коротышка» фиксируется этнографическими словарями. Это сужает географию происхождения: предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами Черноземья.

Стоит обратить внимание на редкий для фамилий случай — прямая овощная основа без уменьшительной формы. В отличие от распространённых Грибков, Огурцов или Репкиных, где основа часто смягчена суффиксом, Баклажан звучит грубовато и прямо, что характерно для прозвищ, данных «на глаз». Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Баклажанов встречается чаще — это мужская форма, а Баклажова — вариант, закрепившийся именно через женскую линию записи, что нередко для фамилий, возникших в среде, где паспортные данные оформляли по домохозяйке.