Фамилия Бакштанский напрямую связана с конкретным местом — деревней Бакштаны, которая находится в Молодечненском районе Минской области Белоруссии. Такая модель образования, с суффиксом -ский, типична для фамилий, указывающих на географическое происхождение: носитель фамилии или его предок происходил из этого населённого пункта.

Топоним Бакштаны, в свою очередь, скорее всего, восходит к белорусскому слову «бакшта» — «башня». Это слово, вероятно, заимствовано из польского языка (baszta — башня), что неудивительно для региона, долгое время находившегося под влиянием Речи Посполитой. Название деревни могло быть связано с оборонительной башней, стоявшей в этих местах, или с особенностями рельефа, напоминавшими башню.

Таким образом, фамилия Бакштанский — это типичная топонимическая фамилия. Она не несёт в себе указания на род занятий или личное качество предка, а просто говорит о его малой родине. Предок носителей этой фамилии, скорее всего, был крестьянином или мещанином, родившимся и жившим в деревне Бакштаны, а при получении фамилии или переезде в другие места получил прозвище по названию родного села.

Фамилия эта довольно редкая и сконцентрирована в основном в Беларуси и на западе России, что подтверждает её локальное происхождение. Встречаются варианты написания с одной «к» — Бакштанский, но наиболее точным с точки зрения этимологии является вариант через «к», соответствующий названию деревни.