Фамилия Бакштанский образована от топонима Бакштаны, деревни Молодечненского района Минской области Белоруссии. Сам топоним, скорее всего, ведет свое начало от белорусского слова «бакшта», то есть «башня». Вполне возможно, что предок Бакштанских родился и жил в этом населенном пункте.