Фамилия Бакштан — редкий случай, когда прозвище и географическое название, скорее всего, неразрывно связаны. В основе лежит белорусский топоним Бакштаны — так называется деревня в Молодечненском районе Минской области. Само слово «бакшта» по-белорусски означает «башня», и вполне вероятно, что название поселению дали по какой-то заметной башне или укреплению. Предок, получивший фамилию Бакштан, мог быть просто выходцем из этой деревни.

Однако есть и более запутанная версия, связанная с историей местечка Смиловичи (первое упоминание — 1483 год). В XV–XVI веках это селение временно называли Бакшты или Бакштаны, потому что оно принадлежало роду Бакштанских. Марциан Огинский в XVII веке вернул Смиловичам прежнее имя, но память о владельцах осталась в фамилии. То есть Бакштан мог быть не просто «человеком из Бакштан», а потомком тех самых Бакштанских — шляхетского рода, чьё владение дало имя целой местности.

Фамилия образована без типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин), что указывает на её западнорусское или польско-литовское происхождение: окончание на твёрдый согласный характерно для прозвищ, которые перешли в фамилии без изменений. По сути, это застывшее название места или рода, которое носил конкретный человек.