Фамилия Бакштан, вероятно, происходит от аналогичного прозвища, которое было образовано от топонима Бакштаны: такое название носит деревня Молодечненского района Минской области Белоруссии. Сам топоним, скорее всего, ведет свое начало от белорусского слова «бакшта», то есть «башня». Вполне возможно, что основатель рода Бакштан родился и жил в этом населенном пункте. Однако не исключено, что родоначальник Бакштан был выходцем из белорусского села Смиловичи, первое упоминание о котором датируется 1483 годом. В официальных письменных источниках Смиловичи известны с 1592 года, как «местечко» — маленький городок в составе Минского воеводства Великого княжества Литовского. В XV — XVI веках селение временно называлось Бакшты (Бакштаны), так как когда-то принадлежали роду Бакштанских. Марциан Огинский в XVII веке вернул Смиловичам их изначальное название.