Фамилия Балахничёи — редкий случай, когда написание подсказывает путь к разгадке. Форма на «-ёв» с ударным окончанием выдает севернорусское или сибирское происхождение. В центральной России и на юге такой вариант почти не встречается: там закрепилось бы «Балахничев» с безударным окончанием. Суффикс «-ёв» указывает на притяжательное значение — «сын Балахнича» или «принадлежащий Балахничу».

Основа фамилии — прозвище Балахна. В говорах так называли нерасторопного, вялого или рассеянного человека. Слово «балахна» родственно диалектному «балахнуть» — качнуть, шатнуть; отсюда и значение «тот, кто ходит вразвалку, мешковато». Прозвище могли дать и за манеру одеваться: в старину «балахна» — просторная верхняя одежда, балахон, так что прозвище иногда закреплялось за человеком, носившим длинную, не по фигуре одежду.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия прошла путь: прозвище Балахна → отчество Балахнич (сын Балахны) → фамилия Балахничёв (с дальнейшим стяжением в «Балахничёи» через диалектное произношение). Форма с окончанием «-и» вместо «-ы» в именительном падеже множественного числа типична для ряда северных говоров, где «цы» произносится как «ци». Таким образом, «Балахничёи» — это не просто фамилия, а живая запись местного выговора, что делает её особенно ценной для историков языка.

Встретить фамилию можно в старых переписях Архангельской, Вологодской и Пермской губерний, а также в Сибири, куда переселенцы унесли с собой и прозвища, и особенности речи. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — дворянские роды с такой основой не фиксируются.