Фамилия Баландюков образована от прозвища Баланда. В русских говорах «баланда» — это не только жидкая похлебка или тюремная еда, но и переносное прозвище болтуна, пустомели, праздного человека. Отсюда первая версия: прозвище могло указывать на характер — любителя пустых разговоров. Вторая версия тянется к вятскому глаголу «баландать» — «плескаться в воде», «возиться в грязи». Тут смысл раздваивается: Баландой могли назвать либо аккуратного, чистоплотного человека, либо, наоборот, нерадивого хозяина, который не следит за хозяйством.

Фамилия строится по редкой модели: основа Баланд- плюс суффикс -юк- (указывающий на принадлежность к роду или на уменьшительную форму) и далее фамильный суффикс -ов. То есть Баландюк — это уменьшительное или «сын Баланды», а Баландюков — «из рода Баландюков». Такая словообразовательная цепочка встречается нечасто, и это отличает фамилию от более массовых Баландиных или Баландовых.

В исторических документах фамилия не зафиксирована, но прозвище Баланда известно с XV века. С. Б. Веселовский в своих работах упоминает: судья великого князя Иван Тимофеевич Баланда (1492 год), Федор Григорьевич Баланда Совин (убит в 1549 году под Казанью), а также Алексей Семенович Баландин (1568 год). Это показывает, что прозвище бытовало в среде служилых людей и было достаточно распространено, чтобы дать начало нескольким разным фамилиям.

Географически фамилия Баландюков тяготеет к южнорусским и украинским регионам — именно там суффикс -юк- типичен для фамилий. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии жили на границе великорусских и малороссийских земель, где прозвище Баланда обрастало местными диалектными формами.