Фамилия Балбуков — на первый взгляд редкая и несколько загадочная, но её разбор не требует сложных гипотез. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Балбук. Слово «балбук» в русских говорах, особенно южных и западных, имело значение «болтун», «пустомеля» или «человек, который говорит невпопад». В некоторых диалектах «балбукой» называли и неуклюжего, неповоротливого человека. Таким образом, фамилия образована по самой распространённой модели: от прозвища с помощью патронимического суффикса -ов, то есть Балбуков — сын Балбука.

Модель образования — чисто русская, помещичья или крестьянская. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, что типично для центральных и северных губерний. Если бы фамилия была украинской или белорусской, мы бы скорее встретили вариант Балбук или Балбукович. Встречаемость фамилии в старых переписях и современных справочниках невысока, что говорит о её локальном, возможно, однодворческом или крестьянском происхождении в какой-то одной местности. Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской, где диалектное слово «балбук» было в ходу.

Интересно сравнить её с однокоренными фамилиями: Балбашов, Балбышев, Болтунов. Все они восходят к одному семантическому гнезду — к глаголу «балбакать» (болтать, говорить вздор). В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «балбука» именно как «болтун», «пустобрех». Следовательно, первый носитель прозвища Балбук, скорее всего, был разговорчивым человеком, любителем поговорить, возможно, без особого смысла. Прозвища такого рода давались не в обиду, а как бытовая характеристика, которая закреплялась за потомками.

Встречается также версия, что основа могла быть тюркской, от слов «бал» (мед) и «бук» (бык), но она не выдерживает критики: для тюркского заимствования фамилия имела бы другое окончание или другой корень, а в русском языке есть прямое славянское соответствие. Поэтому самая правдоподобная версия — русское прозвище Балбук, данное по особенности речи или поведения.