Фамилия Балеевы (в мужском варианте — Балеев) образована от прозвища или нецерковного имени Балей. В старину слово «балей» имело два основных значения: «знахарь, врач, лекарь» и «колдун, волшебник». Скорее всего, так называли человека, который лечил односельчан народными средствами, травами и заговорами — деревенского целителя, пользовавшегося уважением и даже опаской. В некоторых говорах «балить» означало «колдовать, ворожить», поэтому прозвище могло закрепиться и за тем, кого подозревали в знахарстве.

Есть и вторая, менее распространённая версия: связь с глаголом «болеть». В этом случае Балеем могли прозвать человека болезненного, слабого здоровьем. Однако первая гипотеза выглядит правдоподобнее: прозвища по профессии и роду занятий давали чаще, чем по физическому недостатку, особенно если занятие было редким и заметным в деревенской общине.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Балей добавили патронимический суффикс -ев (фонетический вариант суффикса -ов после мягкого согласного). Таким образом, Балеев — это «сын Балея», а в коллективной форме Балеевы — «семья Балеевых». Фамилия эта довольно редкая; по данным современных справочников, её носители встречаются в основном в центральных и северных областях России, а также в Поволжье. В письменных источниках XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этим прозвищем, но точная дата и место возникновения фамилии не установлены — процесс её закрепления шёл несколько столетий.

Примечательно, что у фамилии Балеев есть «двойники» с тем же корнем, но разными суффиксами: Баляев, Балехин, Балин. Все они восходят к одному и тому же древнему слову «балий» (знахарь, колдун), которое встречается ещё в древнерусских памятниках. Таким образом, фамилия Балеевы — один из немногих живых следов языческих представлений о врачевании и магии, которые сохранились в русской ономастике.