Фамилия Балеева образована от прозвища Балей. В старину так называли знахаря, врачевателя или колдуна — человека, который лечил односельчан народными средствами и травами. Это значение зафиксировано в словарях: «балей» — «знахарь, врач», а также «волшебник». Скорее всего, первый носитель прозвища занимался именно врачеванием, а не магией, поскольку сельский знахарь был фигурой уважаемой и востребованной.

Есть и другая версия, менее вероятная. Если связать прозвище с глаголом «болеть», то Балеем могли назвать человека слабого, болезненного. Но в русской ономастике прозвища по профессии встречаются намного чаще, чем прозвища по физическому недостатку, если речь не идёт о ярких внешних приметах. Поэтому версия со знахарем выглядит убедительнее.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: к прозвищу Балей добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Балея). Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Бале́ева, хотя в разных говорах возможны варианты.

Интересно, что корень «бал-» в значении «лечить, заговаривать болезнь» встречается и в других русских фамилиях: Ба́льин, Ба́льцев, Ба́льников. Все они восходят к одному смысловому гнезду. Это позволяет предположить, что предки Балеевых жили в северных или центральных губерниях России, где диалектное слово «балей» было в ходу.

Фамилия недворянская, относится к крестьянской или мещанской среде. Потомок знахаря Балея, получив фамилию, сохранил в ней память о родовом занятии — народном врачевании.