Фамилия Балесникова привлекает внимание прежде всего своим суффиксом. Она образована по модели, типичной для северных и центральных областей России: основа плюс суффикс -ник, к которому добавили фамильный суффикс -ов. В этом её главное отличие от более привычных вариантов вроде Балесов или Балесин. Вместо того чтобы просто назвать человека «Балесов сын», фамилия указывает на его связь с местом или занятием: Балесник — это человек, имеющий отношение к Балесу.

Ключ к разгадке — имя или прозвище Балес. Это сокращённая и переработанная в быту форма от канонического имени Валентин или Варсонофий (через варианты Валес, Балес). В русской деревне, где полные имена редко приживались, а ударение и звуки смещались, Валентин легко превращался в Балеса. Соответственно, Балесник — это либо сын Балеса (как Кузнецов от кузнеца), либо человек, живущий на его земле или служащий ему. Возможна и вторая, более редкая версия: основа от диалектного слова «балес» — «бледный, белесый» (сравните с «белёсый»). Тогда прозвище Балес дали светловолосому или бледнолицему человеку, а его дети стали Балесниковыми.

Географически фамилия тяготеет к северу и северо-востоку европейской части России. Встречается в Вологодской, Кировской, Пермской областях, а также в Сибири, куда фамилию вынесли переселенцы из этих мест. В старых метрических книгах XIX века можно найти крестьян и мещан с этой фамилией — дворянских родов Балесниковых в родословных книгах не зафиксировано. Это фамилия простого люда, которая закрепилась за конкретной семьёй в конкретном приходе и не получила широкого распространения по стране.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает точнее определить корень. Если бы основа была от слова «балес» (бледный), логичны были бы фамилии Балесов, Балесин, Балесовский. Суффикс -ник здесь указывает на деятеля или причастного: Балесник — тот, кто связан с Балесом (человеком). Поэтому версия с происхождением от имени Валентин (Балес) выглядит предпочтительнее.