Фамилия Балковая — женская форма, а её мужской вариант — Балков. В русской традиции такие фамилии на -ой/-ая чаще всего встречаются у носителей донского или южнорусского происхождения, где закрепилась стяжённая форма притяжательных прилагательных. В северных и центральных областях та же фамилия могла бы звучать как Балков, а на -ой указывает на возможную связь с казачьей средой или переселенцами с юга.

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Балок. В старину балком называли бревно, слегу, а также длинный овраг или сухую ложбину. Человек мог получить такое прозвище за высокий и худой рост («длинный, как балка»), за характерную речь или за место жительства — у оврага. В говорах слово «балка» имело и переносное значение: так могли назвать упрямого или медлительного человека.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «балык» (рыба), который через форму Балыков мог трансформироваться в Балков под влиянием акающих говоров. Однако для фамилии Балковая эта гипотеза слабее: форма на -ой и географическая привязка к югу России скорее указывают на славянскую основу, чем на тюркскую.

Сам суффикс -ов- типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на согласный. В данном случае притяжательное значение «чей?» — «сын Балка» или «из рода Балка». Женская форма Балковая, соответственно, означает «жена или дочь Балкова».

В документах XVII–XVIII веков фамилия Балков встречается среди служилых людей и однодворцев южных засечных черт, например в Воронежской и Тамбовской губерниях. Носители фамилии Балковая могли быть потомками крестьян, казаков или мещан, чьи предки получили прозвище по месту жительства или внешности.