Фамилия Балтовский чаще всего указывает на географическое происхождение предка — она образована от названия города Балта, что на северо-западе Одесской области Украины. Суффикс -ский в таких фамилиях (как и в Запорожский, Полтавский) типичен для польской и украинской традиции: он прикреплялся к названию местности, обозначая «тот, кто оттуда родом». Основатель рода Балтовских, скорее всего, был выходцем из этого города или его окрестностей и получил прозвание по месту жительства.

Балта — место с необычной историей. В XV веке здесь возник небольшой османский форпост; само название, по одной из версий, восходит к турецкому «балта» — «секира» (топор). При этом турецкого населения в городе практически не было. После русско-турецких войн, в 1791 году, Балта вошла в состав Российской империи. Сюда потянулись славяне, а затем и христианские беженцы из южных, подконтрольных османам регионов — прежде всего молдаване. К концу XIX — началу XX века большинство жителей города составляли евреи (в 1910-х годах — почти 80 %). Балта стала центром мукомольной промышленности и перегрузки муки на железную дорогу. Именно высокая концентрация молдавского населения в округе привела к тому, что в 1924–1928 годах город был столицей Молдавской АССР, а после образования Молдавской ССР в 1940 году остался в составе Украины.

Есть и другая, менее вероятная версия происхождения фамилии — от литовских слов baltymas («белок») или baltinti («белить»). В этом случае основой могло стать прозвище Балтов, которое давали человеку со светлыми волосами или очень светлой кожей. Однако литовская версия уступает топонимической: слишком много фактов связывают фамилию именно с украинским городом Балта, а суффикс -ский в славянских фамилиях почти всегда указывает на связь с местностью, а не на прозвище по внешности.