Фамилия Балягин образована от прозвища или нецерковного имени Баляга. В её основе лежит диалектное слово, которое в разных говорах имело несколько значений. В северных и сибирских говорах «балягой» называли повозку или сани, а также человека, который занимается извозом. В других областях это слово могло означать болтуна, пустомелю, от глагола «балякать» — говорить, болтать. Таким образом, первый носитель фамилии мог быть либо возчиком, извозчиком, либо, наоборот, словоохотливым человеком.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Балягин — «сын Баляги» или «человек из семьи Баляги». Эта модель типична для фамилий, образованных от слов мужского рода, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае окончание -а в прозвище Баляга закономерно дало суффикс -ин, а не -ов.

С точки зрения географии, фамилия Балягин встречается в основном в центральных и северных регионах России, с некоторым тяготением к бывшим новгородским землям, где диалектные слова на «баля-» особенно распространены. Встречаются и варианты написания — Балягин, реже Болягин, что связано с акающим произношением в некоторых говорах.

В ономастической литературе фамилия Балягин не относится к числу широко изученных, но её прозрачная этимология позволяет уверенно говорить о двух основных версиях происхождения. Версия с извозчиком кажется более правдоподобной, так как слово «баляга» в значении «повозка» фиксируется в диалектных словарях чаще, чем в значении «болтун». К тому же, прозвища по роду занятий давали более устойчивые фамилии, чем прозвища по чертам характера.

Однокоренные фамилии — Балягин, Балякин, Балясов — все они восходят к одному корню, но с разными суффиксами. Балягин — самая распространённая из них, что косвенно подтверждает её связь с конкретным и понятным ремеслом, а не с редким диалектным словом.