Фамилия Бандайшоев — одна из тех, где корень сразу выдаёт географию носителей. Она памирского происхождения, а точнее — из шугнано-рушанской языковой группы. Основа «Бандайшо» — это сложное имя, которое состоит из двух частей: «банда» (от персидского «банде» — раб, слуга) и «ишо» (местный вариант имени Иса, Иисус). В буквальном переводе — «слуга Иисуса» или «раб Иисуса». Такая модель имяобразования типична для исмаилитской среды Памира, где имена с религиозным значением — не редкость.

Фамилию образовали по русской патронимической модели с суффиксом -ев: к исходному имени Бандайшо прибавили окончание, указывающее на принадлежность. То есть Бандайшоев — «сын Бандайшо». Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного (ш), что фонетически закономерно. Встречается и вариант написания через «а» — Бандайшаев, но он менее точен по отношению к исходному произношению.

Географически фамилия почти целиком привязана к Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана, особенно к Шугнанскому и Рошкалинскому районам. За пределами этого региона носители появляются в основном из-за миграции — в Душанбе, Оше, реже в России. В советское время, когда памирцам начали массово оформлять русские фамилии, многие местные имена получили суффиксальное оформление именно по такой схеме, поэтому Бандайшоев — не исключение, а часть целого пласта памирских фамилий на -ев.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев мог указывать на прозвище или профессию, здесь он выполняет чисто грамматическую роль, прикрепляя памирское имя к русской фамильной системе. Никакого ремесла или сословия за этой фамилией не стоит — только религиозная традиция и региональная принадлежность. Если искать однокоренные, то в той же местности встречаются Бандайшоевы, Бандайшоев, а также фамилии, образованные от имён с тем же элементом «банда» — например, Бандаалиев («слуга Али»).