Фамилия Бандуков образована от прозвища Бандук, и тут есть две основные версии. Первая связывает прозвище с диалектным глаголом «бандаться» — так в народе говорили про того, кто «пачкается», «мешкает» или «баклуши бьёт». Если следовать этой логике, основатель рода Бандуковых мог слыть человеком неопрятным, неаккуратным либо медлительным и ленивым. Вторая версия опирается на существительное «бандук», которое в некоторых говорах означало «хлеб». Тогда Бандуком могли прозвать пекаря или торговца хлебом — прозвище по профессии, одна из самых частых моделей в русской ономастике.

Словообразовательная модель здесь простая и характерная для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединяется к основе Бандук, указывая на принадлежность («чей?» — Бандуков). Так фамилия закрепилась за потомками человека с таким прозвищем. Обе версии имеют право на существование, но вторая — по роду занятий — выглядит чуть правдоподобнее: прозвища от названий продуктов и ремёсел встречаются в русских фамилиях гораздо чаще, чем от редких диалектных глаголов с негативным оттенком. В любом случае, фамилия Бандуков — не единичный случай: у неё есть «родственники» вроде Бандурина или Бандурова, образованные от тех же корней, но с другими суффиксами.