Фамилия Бандукова образована от прозвища Бандук. Его происхождение неоднозначно, и лингвисты предлагают как минимум два объяснения, каждое из которых рисует совершенно разный портрет предка.

Первая версия отсылает к диалектному глаголу «бандаться». В разных говорах у него несколько значений: «пачкаться», «мешкать» или «бить баклуши». Если прозвище дали по этому корню, то Бандуком могли назвать человека неопрятного, неаккуратного либо, напротив, медлительного и ленивого. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде — они не всегда несли оскорбительный смысл, часто просто закрепляли внешнюю или поведенческую черту.

Вторая версия связывает прозвище с существительным «бандук» — так в некоторых областях называли хлеб. В этом случае Бандук — это прозвище по профессии: пекаря, булочника или торговца хлебом. Профессиональные прозвища давали реже, чем бытовые, но они устойчивее переходили в фамилии, потому что прямо указывали на занятие человека.

Суффикс -ов в фамилии Бандукова — стандартный русский патронимический формант, обозначающий принадлежность: «сын Бандука». Фамилия фиксируется преимущественно в южнорусских и украинских землях, где диалектная лексика с корнем «банд-» встречается чаще. Встречаются однокоренные фамилии: Бандуков, Бандученко, Бандурко, но все они восходят к разным прозвищным основам.

Какая из версий верна для конкретной семейной истории — без генеалогических изысканий сказать сложно. Но в любом случае фамилия Бандукова относится к числу прозвищных, а не «именных»: её основа — не крестильное имя, а слово из живой народной речи, которое когда-то точно и ёмко описывало человека.