Фамилия Бандюков — это, скорее всего, прозвищная фамилия, образованная от простонародного прозвища Бандюк. В её основе лежит не столько криминальный подтекст, сколько бытовая, а иногда и ироничная характеристика человека.

Разбираем словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — «Бандюков», то есть сын или потомок Бандюка. Само прозвище Бандюк образовано с помощью уменьшительно-уничижительного или просто разговорного суффикса -юк, который часто придавал слову фамильярный, а иногда и пренебрежительный оттенок (сравните: «середняк», «казачок», «дурак» с другим суффиксом, но по той же модели «основа + -юк»).

Теперь о значении основы. Самая правдоподобная версия ведёт к глаголу «бандать», который в псковских и, шире, в северо-западных русских говорах означал «пачкать, марать, мазать, гадить», а также «мешкать, мямлить, волочить, проводить время». Прозвище носило иронический характер и призвано было указать на недостатки или дурные привычки человека. Скорее всего, Бандюком могли прозвать неопрятного, неаккуратного человека либо ленивого, медлительного, «тянущего» время. Это бытовая, живая характеристика, каких много в русской ономастике.

Менее правдоподобна, но всё же возможна другая версия: связь с глаголом «бандить» или старым значением слова «банда» — не обязательно уголовная группа, а скорее «ватага», «шайка». В таком случае Бандюком могли назвать задиристого, вспыльчивого человека или того, кто водился с «бандой», то есть с шумной компанией. Эта версия слабее, потому что в говорах слово «банда» в современном криминальном значении закрепилось поздно, а вот «бандать» — диалектное, местное слово, которое как раз и объясняет необычную основу.

Что касается гипотезы о таджикском слове «банда» — «раб», она маловероятна. Фамилия Бандюков — исконно русская по модели и ареалу. Таджикские заимствования в русские прозвища крайне редки и обычно связаны с южными регионами, а фамилия встречается в центральных и северных областях России. Поэтому её смело можно считать русской, образованной от диалектного прозвища.

Итак, главный вывод: фамилия Бандюков происходит от прозвища Бандюк, которое, скорее всего, дали либо неопрятному и ленивому человеку (от «бандать» — пачкать, мешкать), либо, с меньшей вероятностью, задире или разбойнику. Потомок человека с таким прозвищем и получил фамилию по отцу — Бандюков.