Фамилия Бандишоев — редкий случай, когда разбор уходит не в славянские корни, а в восточную ономастику, причём с неочевидной словообразовательной цепочкой. В ней нет привычного суффикса -ов/-ев от отчества: скорее всего, перед нами русифицированная форма таджикской или памирской фамилии, где конечное «-ев» приставили к основе уже при записи в советских документах.

Исходная форма — Бандишоев или Бандишоев, и её ядро — «банди» и «шо». На Памире (особенно в Горно-Бадахшанской области Таджикистана) распространены фамилии, построенные по модели «имя отца + суффикс». «Банди» может восходить к арабскому «банд» — «раб», «слуга», но в таджикском контексте «банди» часто означает «узы», «связь» или входит в состав имён как компонент со значением «связанный с чем-то». Вторая часть — «шо» (от персидского «шах» — «царь», «господин»). Вместе «Бандишо» могло быть личным именем или прозвищем, которое носил предок: либо «раб шаха» (в религиозном или социальном смысле), либо человек, посвятивший себя служению правителю.

Русский суффикс -ев добавили при паспортизации в 1920–1930-е годы, когда носителей таких имён записывали по схеме «имя + -ов/-ев». Так Бандишо стал Бандишоевым — по тому же принципу, что и, скажем, Каримов от Карим.

Географически фамилия почти не встречается за пределами Средней Азии, в России её носители — выходцы из Таджикистана. В отличие от массовых русских фамилий, где основа — профессия или мирское имя, Бандишоев указывает на конкретный регион и этническую группу, а не на сословие или занятие.

Спорных версий здесь немного: попытка вывести «Банди» от тюркского «банды» (шайка, банда) маловероятна — фамилия не несёт криминального оттенка и не фиксируется в таком значении в ономастических источниках. Правдоподобнее всего именно памирский след с компонентом «шах», характерным для имён сложной структуры в ираноязычной среде.