Фамилия Банниковы (в мужском варианте — Банников) образована от прозвища или охранительного имени Банник. В основе лежит слово «баня», но прозвище давали не любителю помыться, а хозяину бани — человеку, который её строил, содержал или владел ею. В русских говорах «банником» называли именно того, кто при бане состоял, а не просто посетителя.

Есть и вторая, более глубокая версия: имя Банник могли дать намеренно, чтобы обмануть нечистую силу. По народным поверьям, в бане жил свой дух — банник, злой и опасный. Называя ребёнка Банником, родители как бы отдавали его под покровительство этого духа или, наоборот, делали имя «непривлекательным» для злых сил, чтобы те не позарились на младенца. Такие охранительные имена — распространённая древнерусская практика.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с латинским именем Урбан («городской»), — она искусственна и не находит опоры в народной традиции именования.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Банников — сын Банника. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища отца закреплялись за детьми. Где именно впервые появилась фамилия, сказать сложно — бани и банщики были повсеместно, так что очагов возникновения могло быть много. Однако сам факт, что прозвище выжило и стало фамилией, говорит о заметном положении первых Банниковых в своей общине.