Фамилия Баратынцер — редкий случай, когда географический указатель в суффиксе почти наверняка перевешивает этимологию корня. Если смотреть на окончание -ер, то перед нами типичная немецкая или идишская модель: суффикс -er указывает на жителя или выходца из какого-то места. В данном случае основа «Баратын» — это, скорее всего, топоним. Самый очевидный кандидат — город Баратын (современный Баратин на Украине, в Волынской области). В XIX веке в этих краях существовали еврейские местечки, и фамилия Баратынцер могла означать «тот, кто из Баратына». Такая схема (название города + -ер) массово встречается у ашкеназских евреев, например, Варшавер, Лодзер, Бердичер.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с фамилией поэта Евгения Баратынского. Однако его род имеет польские корни (герб «Боратын»), и суффикс -цер для польской шляхетской фамилии совершенно нехарактерен. Скорее всего, Баратынцер и Баратынский — это омофоны, возникшие независимо в разной этнической среде: первый — у евреев Волыни или Подолья, второй — у польской знати.

Сама основа «Баратын» может восходить к тюркскому «барату» — «подарок» или к славянскому диалектному «бараты» — «болтать, молоть вздор», но в случае с фамилией на -цер эти значения второстепенны: главное — указание на место. Таким образом, предок носителя фамилии Баратынцер, скорее всего, был жителем небольшого городка Баратын или переселенцем оттуда, а его фамилия закрепилась в конце XVIII — начале XIX века, когда у еврейского населения Российской империи начали массово фиксировать фамилии по месту жительства.