Фамилия Бармалей — редкий случай, когда литературный персонаж почти полностью перекрыл реальное происхождение слова. В сознании носителей языка она прочно связана с разбойником из сказки Корнея Чуковского, но на деле фамилия старше и книжного героя, и самого писателя.

Основа фамилии — прозвище Бармалей. В русских говорах слово «барма» означало «бормотание», «невнятная речь». Соответственно, Бармалеем могли прозвать человека, который говорил неразборчиво, бормотал себе под нос. Вторая версия, менее распространённая, связывает корень с тюркским «бармак» — «палец». Тогда прозвище могло относиться к кому-то с необычными пальцами, например, с отсутствующим или, наоборот, лишним пальцем на руке. Первая версия — через «бормотание» — кажется более естественной для русской прозвищной традиции, где часто давали клички по особенностям речи или поведения.

Модель образования проста: прозвище Бармалей стало фамилией без дополнительных суффиксов. Чаще всего такие фамилии (так называемые «нулевые», без типовых окончаний -ов, -ин) закреплялись на юге России, в Белоруссии и на Украине. В центральных же областях ту же основу могли оформить суффиксом — отсюда фамилия Бармалеев, которая встречается чаще и лучше вписывается в стандартную русскую модель «прозвище + -ев».

Примечательно, что Чуковский, по его собственному признанию, взял имя для своего злодея из петербургской топонимики: на Мойке жила семья Бармалеевых, владевшая аптекой. Писатель просто переделал фамилию в имя героя, не подозревая, что тем самым навсегда изменит восприятие исходного слова. Так древнее прозвище, означавшее невнятного бормотуна, превратилось в символ сказочного злодейства.