Фамилию Башенова чаще всего выводят от прозвища Башен. В русских говорах «башня» могла означать не только архитектурное сооружение, но и высокого, статного человека — «высокий, как башня». Такое прозвище давали рослому, видному мужчине, которого было видно издалека. В основе лежит типичная модель: профессиональное или описательное прозвище плюс патронимический суффикс -ов (чей? — сын Башена). Поскольку суффикс -ов, фамилия относится к самой массовой категории русских фамилий, возникшей в среде крестьян и посадских людей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с тюркским именем Башен или Башан. В ряде тюркских языков «баш» означает «голова», «глава», «вождь». Имя Башен могло быть прозвищем старшего в роду или предводителя. Однако русское окончание -ов в таком случае — позднейшая русификация, обычная для XVI–XVII веков, когда служилые татары и мордва переходили в православие и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия не привязана к одному региону. Встречается на Урале, в Поволжье и в центре России, что скорее говорит в пользу русского прозвищного происхождения: «башня» — слово общеславянское, заимствованное через польский из немецкого (Bastei). Носители фамилии в основном были крестьянами или мещанами, дворянских родов Башеновых в родословных книгах не зафиксировано.

Изредка фамилию путают с Башиновой, ошибочно связывая с башней на письме. Но разница в суффиксе принципиальная: -ов против -ин указывает на разные основы. В случае Башенова основа — слово мужского рода (Башен), а не женского (Башина).