Фамилия Бацилин — редкий случай, где основа почти наверняка связана не с бактериями (это заимствование XIX века, слишком позднее для русской фамилии), а с личным именем или прозвищем. Разбираем по модели: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Бацилин — сын Бацилы или человека по прозвищу Бацила.

Самая правдоподобная версия ведёт к уменьшительной форме крестильного имени Василий. В народной речи Василия могли называть Басилей, а оттуда — Бацила, через характерное для говоров смягчение и замену «с» на «ц» (ср. бацила — «василёк» в некоторых диалектах). Тогда Бацилин — то же, что более распространённые Васин, Басилов, Васечкин, но с редкой фонетической обработкой.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: прозвище Бацила от диалектного «бацила» — задира, смутьян (сравните с «бациллить» — «задирать, мутить» в рязанских и тамбовских говорах). Тогда фамилия отражает не имя, а характер предка.

Суффикс -ин типичен для центральных и северных русских земель, где фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я. Географически Бацилины могли встречаться в Рязанской, Тамбовской, Воронежской областях — именно там фиксируются говоры с основой «бацила» в обоих значениях. В Москве и Петербурге фамилия редка, что подтверждает её локальные корни.

Сравнение с однокоренными: Бацилов (с суффиксом -ов) встречается чаще и тоже восходит к тому же имени или прозвищу. Бацилин — вариант, сохранивший более архаичную модель принадлежности. В дореволюционных метриках эта фамилия почти не попадается, что говорит либо о её поздней фиксации (после отмены крепостного права), либо о малочисленности рода.