Фамилия Батуршин образована от прозвища или имени Батурша — так в тюркских языках называли человека, который «был, существовал, жил» (от глагола батур со значением «существовать», «пребывать»). В разных диалектах слово могло означать «крепкий», «устойчивый» или даже «упрямый». Формант -ин в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Батуршин» значит «сын Батурши», «родом от Батурши».

Сама основа Батурша — это уменьшительно-ласкательная форма от тюркского имени Батур, которое в свою очередь восходит к древнетюркскому baatur («богатырь», «герой»). В русских говорах слово «батур» иногда заимствовали в значении «силач», «здоровяк». Таким образом, фамилия могла закрепиться за потомками человека, которого прозвали за силу, крепость или за то, что он «просто был» — жил долго, никуда не уходил.

Географически фамилия Батуршин встречается в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это типичная «булгарская» модель: тюркское имя или прозвище плюс русский суффикс -ин. Среди носителей много людей с татарскими и башкирскими корнями, но фамилия могла возникнуть и у русских, живших по соседству и перенявших прозвище.

В отличие от фамилий Батурин или Батуров, где основа Батур — более распространённая и часто связывается с монгольским «баатур» (богатырь), Батуршин сохранил редкий уменьшительный суффикс -ша. Это делает фамилию более «домашней»: Батурша — не просто богатырь, а свой, знакомый, может быть, даже слегка насмешливый человек. В дореволюционных переписях встречаются единичные записи Батуршиных в Казанской и Симбирской губерниях, но в целом фамилия остаётся малочисленной.

Других версий происхождения, кроме тюркской, у фамилии нет: славянские корни для «Батуршин» не реконструируются, а попытки связать её с «батареей» или «батутом» — не более чем народная этимология.