Фамилия Батютеко — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение неочевидно. Первое, что бросается в глаза, — финаль «-еко», которая нехарактерна для исконно русских фамилий. В русском языке типичны суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский, а вот -еко — это яркая примета украинской или белорусской модели образования фамилий. В украинском языке суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) со временем мог редуцироваться до -еко в отдельных говорах или при адаптации на письме. Соответственно, Батютеко, скорее всего, — это вариант фамилии Батютенко, где основа та же.

Основа фамилии — «Батют-». Скорее всего, это производное от имени или прозвища. Если отталкиваться от антропонимики, то в основе может лежать уменьшительная форма от крестильного имени Варфоломей (в народной форме Батюта) или от Богдан (через форму Батюта). В украинском языке слово «батюта» могло быть ласкательным обращением к отцу (от «батько»), то есть прозвищем, данным человеку заботливому или, наоборот, властному, как «батька». Ещё одна версия — связь с диалектным глаголом «батютити» (говорить, болтать, возможно, невнятно), но она менее убедительна из-за отсутствия широкого распространения такого слова в источниках.

Версия с прозвищем от «батько» кажется наиболее правдоподобной. В среде украинского казачества или крестьянства прозвище Батюта мог получить старший в роду, уважаемый человек или, напротив, тот, кто любил командовать. Фамилия Батютеко, таким образом, буквально означает «сын Батюты» или «потомок того, кого звали Батютой».

Географически фамилия тяготеет к западноукраинским и белорусским землям, где суффикс -еко встречается чаще, чем на востоке Украины. Встречаются и написания с одной «т» — Батютеко, что может быть следствием упрощения в произношении или ошибки писаря при записи. В русских переписях эта фамилия — большая редкость, что подтверждает её локальное, скорее всего, сельское происхождение.

Сословная принадлежность предков Батютеко, скорее всего, крестьянская или казачья, так как фамилии на -енко/-еко в массе своей формировались в этих средах и редко встречались у дворянства (которое предпочитало модели на -ов и -ский). Точных данных о дворянских родах с такой фамилией в доступных гербовниках нет, что косвенно подтверждает её простонародные корни.