Фамилия Батютин — пример редкой словообразовательной модели, которую часто путают с более привычными вариантами. Первое, что бросается в глаза, — это суффикс -ин. В русских фамилиях он обычно указывает на принадлежность к матери: «чей сын?» — «мамин», «бабушкин». Но здесь основа не женское имя, а прозвище или имя отца.

Корень фамилии — «Батюта» или «Батютя». Это уменьшительно-ласкательная форма от слова «батя» (отец) или от имени Батюта, которое в старину давали как охранительное, чтобы уберечь ребёнка от злых сил. В русских говорах «батюта» могло означать и «баловень», «любимец отца» — то есть прозвище, закреплённое за младшим или особенно дорогим сыном. Встречается и версия, что Батюта — это вариант канонического имени Варфоломей, упрощённый в народной речи до Батюты, как Федот от Феодор.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к группе, образованной от прозвищ на -ут(а) и -ют(а), которые характерны для северных и центральных регионов России. Суффикс -ин здесь — патронимический, то есть «сын Батюты». Таким образом, Батютин — это потомок человека по прозвищу Батюта.

Социальная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или посадская. В дворянских родах такие «уменьшительные» фамилии на -ин встречаются реже, а вот в среде крестьян и ремесленников — сплошь и рядом. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям, где сохранились старые говоры с обилием форм на -ута.

Спорных версий немного. Иногда Батютина пытаются связать с украинским или белорусским «батюк» (батог, палка) — но это натяжка, так как суффикс -ин в этих языках для фамилий нехарактерен. Правдоподобнее всего именно прозвищная основа от слова «батя» с ласкательным суффиксом.