Фамилия Баухина — женская форма мужской фамилии Баухин, и её происхождение напрямую связано с разговорным прозвищем, а не с крестильным именем. Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть предок носителя фамилии был человеком по прозвищу Бауха.

Само прозвище Бауха — нечастое. Наиболее вероятная версия связывает его с диалектным глаголом «баухать» или «баучить», который в разных регионах означал «громко кричать, выть, плакать», а также «говорить глупости, нести вздор». В таком случае Баухой могли прозвать крикливого, шумного человека или, напротив, того, кто любил пустословить. Вторая, менее распространённая гипотеза, отсылает к тюркским корням: в некоторых тюркских языках «бау» означает «богатый, знатный», но это объяснение кажется натянутым, поскольку прозвища с таким значением обычно образовывали фамилии через суффикс -ов (Бауков), а не -ин.

Географически фамилия Баухина встречается редко, что говорит о её локальном происхождении, скорее всего, в центральных или южных губерниях России, где бытовали соответствующие диалектные слова. Интересно, что фамилия не имеет связи с немецкой фамилией Баух (Baukh) — русская форма с суффиксом -ин чётко указывает на славянскую модель образования. В сословном плане носители фамилии, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами: прозвище, данное по поведению, редко встречалось в дворянской среде. Таким образом, фамилия Баухина — это звуковой портрет предка, закреплённый в семейной истории.