Фамилия Байбородин — одна из тех, что образованы не от имени, а от прозвища. В её основе лежит прозвище Байборода. Судя по всему, оно восходит к старинному русскому глаголу, который зафиксирован в «Толковом словаре живого великорусского языка» Владимира Даля. Глагол этот означает «болтать, пустословить». Поэтому можно предположить, что Байбородой в шутку называли болтуна или любителя приврать ради красного словца. Впрочем, есть и другая версия. В архангельских говорах существовало слово «байбара» — «бесценок, дешевизна». В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком простоватым, доверчивым, которого легко было обмануть или сбить с толку.

Фамилия Байбородин — классический пример патронимической модели на -ин, которая в русском языке отвечала на вопрос «чей?» и указывала на принадлежность конкретному человеку. То есть Байбородин — это «сын Байбороды» или «потомок Байбороды». Суффикс -ин в таких фамилиях присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, что как раз подходит к прозвищу Байборода.

Первые письменные упоминания о прозвище и фамилии относятся к XV–XVII векам. Академик Степан Веселовский в своём «Ономастиконе» приводит записи: Авксентий Байборода, 1406 год, Псков, и Борис Байбородин, крестьянин, 1624 год, Нижний Новгород. Эти данные говорят о том, что фамилия бытовала на северо-западе и в центральной части России. О точном месте и времени возникновения фамилии сейчас говорить сложно — процесс формирования фамилий был долгим и шёл в разных регионах с разной скоростью.

Стоит обратить внимание на редкое сочетание корней. В отличие от более частых фамилий на -бородин, образованных от «борода» (Долгобородин, Рыжебородин), основа «бай-» встречается реже. Это делает фамилию Байбородин не только памятником славянской письменности и культуры, но и интересным примером того, как в прозвище могли соединиться разные значения — от болтовни до простодушия.