Фамилия Байборина ставит перед исследователем непростой выбор: у неё как минимум два равно правдоподобных корня — славянский и тюркский. Первый ведёт к рязанскому диалектному глаголу «байборить» — болтать, пустословить. Человек, любивший приукрасить свои речи небылицами, легко получал прозвище Байбора. Второй вариант опирается на «Толковый словарь» В. И. Даля, где «байборой» называли дешевизну, бесценок. В таком свете прозвище могло закрепиться за мелким торговцем, который торговал по дешёвке или сам покупал за бесценок.

Однако есть и третья версия, не менее весомая. Фамилия Байборина может быть русифицированной формой тюркского имени Байбура. Оно составное: «бай» — богатый, и «бура» — верблюд. В переводе имя означает «богатый верблюдами», и его давали сыну с пожеланием достатка и благополучия. Фонетический переход Байбура в Байбора для русского уха естественен, а фамилии на -ин от имён с конечным -а — обычное дело.

Первые письменные следы похожих фамилий уходят в XVII век: в Запорожском реестре 1649 года упомянут Байбуренко. Эта южнорусская фиксация показывает, что основа бытовала и на украинских землях, а значит, фамилия могла распространяться двумя путями — из южных степей вместе с тюркскими заимствованиями и из центральных русских говоров как чисто прозвищная. В любом случае, фамилия Байборина женская, а её мужская пара — Байборин.