Фамилия Байдалка — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, сохранило почти неизменным свою исходную, «говорящую» форму. В русских фамилиях на -ка обычно скрывается уменьшительное или пренебрежительное образование от другого слова, и Байдалка не исключение. Основа здесь — «байда», слово многозначное и диалектное.

Самая вероятная версия связывает фамилию с южнорусским и украинским словом «байда» — так называли бездельника, гуляку, праздного человека. В этом случае Байдалка — это «тот, кто байдит», то есть бездельничает, или же просто уменьшительное от «байда». Прозвище могли дать не столько в укор, сколько с иронией, как это часто бывало в крестьянской среде. Менее распространённая, но тоже возможная версия — от слова «байдак» (большая речная лодка, барка). Тогда Байдалка мог быть либо сыном байдачника, либо человеком, имевшим отношение к строительству или управлению такими судами. Эта версия географически привязана к Днепру и Дону, где байдаки были в ходу.

Суффикс -ка в фамилиях такого типа обычно указывает на прозвищное происхождение, а не на принадлежность (как -ов или -ин). Фамилия Байдалка не склонялась по падежам как типичная русская фамилия на -а — она застыла в форме именительного падежа, что характерно для украинских и южнорусских прозвищных фамилий. Встречается она преимущественно в областях, граничащих с Украиной: в Курской, Белгородской, Воронежской, а также в самой Украине. В центральных и северных регионах России она практически не фиксируется, что подтверждает её южное происхождение.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) фамилия не упоминается, что говорит о её локальности и малой распространённости. Это не фамилия дворянского или купеческого рода — скорее всего, она возникла в среде крестьян или казаков, где прозвища были особенно цепкими. Носитель фамилии Байдалка мог быть потомком того самого «байды» — вольного человека, не склонного к оседлой работе, или же потомственного речника. Точных исторических записей о первых носителях нет, но сама фамилия звучит живо и несёт отпечаток простонародной речи.