Фамилия Байдалюк образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -юк, который указывает на принадлежность к роду: сын или потомок человека по прозвищу Байдал. Таким образом, основой для фамилии послужило прозвище Байдал.

Прозвище Байдал, по одной из версий, происходит от украинского слова «байда». Это слово многозначное: им называли и беззаботного, гулящего человека, повесу, и кусок чего-то ломкого или хрупкого (хлеба, сахара, дерева). Скорее всего, прозвище давалось по характеру или поведению — так могли прозвать беспечного, несерьёзного человека. Впрочем, не исключено, что прозвище имело ироничный или даже обидный оттенок.

Менее вероятна связь фамилии Байдалюк с киргизским глаголом «байдалан» (пользоваться). Для украинских и западнорусских земель, где фамилия бытует, такое заимствование маловероятно, и эта версия остаётся лишь слабой гипотезой.

Со временем прозвище Байдал, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Суффикс -юк закрепил значение «потомок Байдала», поэтому предок современного носителя фамилии, скорее всего, был человеком, известным под этим прозвищем, и его дети уже записывались как Байдалюки.