Фамилия Байкашев образована от тюркского имени или прозвища Байкаш, где «бай» — «богатый, господин, хозяин», а «каш» может означать «бровь» (в переносном смысле — «счастливая примета») или «драгоценный камень». В тюркской ономастике «бай» — один из самых частых компонентов, указывающий на высокое положение или богатство предка. Вторая часть «-каш» встречается реже, что делает фамилию более специфичной по сравнению с распространёнными Байковыми или Баймуратовыми.

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на мягкую основу исходного слова: Байкаш — Байкашев. Такое окончание характерно для фамилий, возникших в среде татарских, башкирских, казахских или ногайских родов, которые впоследствии вошли в состав русского дворянства или крестьянства. В документах XVI–XVII веков фамилии на -ев нередко фиксировали у служилых татар и мурз, переходивших на русскую службу.

Географически фамилия Байкашев тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где столетиями жили тюркские народы. Встречается также в Оренбургской области и Башкортостане. В дореволюционных переписях носители фамилии могли числиться как «государственные крестьяне» или «тептяри» — сословная группа, состоявшая из обрусевших татар и башкир.

Версия о происхождении от русского слова «байка» (мягкая ткань) маловероятна: для прозвища по роду занятий скорее использовали бы форму Байков или Байкин. Тюркская основа остаётся основной и наиболее убедительной.

Несмотря на редкость, фамилия сохранила исходное ударение на втором слоге — Байкáшев, что тоже указывает на тюркский корень: в русских фамилиях от «бай» ударение обычно падает на основу (Бáйков), а здесь оно смещено на суффикс, как в заимствованных именах.