Фамилия Байтаков в русском звучании почти наверняка имеет тюркские корни. Её основа — личное имя Байтак, которое образовано сложением двух слов: «бай» (богатый, господин, знатный) и «так» (ветвь, род, потомок). В буквальном смысле Байтак означает «ветвь знатного рода» или «потомок богача». Такие составные имена были распространены у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, где в имя вкладывали пожелание благополучия и высокого положения.

Суффикс -ов указывает на русскую модель адаптации фамилии: «Байтаков» — это «сын Байтака» или «из рода Байтака». Фамилия фиксируется в Поволжье и на Урале, особенно среди казанских татар и мишарей. Встречается она и в среде сибирских татар, что говорит о широком расселении носителей имени Байтак. В дореволюционных метрических книгах можно найти варианты написания — Байтаковъ.

Есть и другая, более редкая версия: связь с диалектным тюркским словом «байтак» в значении «жеребёнок-стригунок» (годовалый конь). В этом случае прозвище Байтак мог получить человек, имевший отношение к табунам, или же так называли резвого, непоседливого мальчика. Однако первая версия — от составного имени — встречается в ономастических справочниках чаще и считается основной.

В сословном отношении Байтаковы не были привязаны к одному слою. Среди них встречались и государственные крестьяне, и служилые татары, и купцы. Например, в документах XIX века по Оренбургской губернии упоминаются Байтаковы среди торговых людей, что косвенно подтверждает «знатную» основу фамилии — статусность в имени могла соответствовать реальному положению в общине.