Основой фамилии Бедунова послужило мирское имя Бедун. Мирское имя Бедун образовано от слова «беда» в значении «несчастье, неприятность, горесть». Это имя является охранительным. Так, желая своему сыну не знать неприятностей, родители назвали его Бедуном. Согласно другой версии, фамилия Бедунова ведет начало от прозвища Бедун, также связанного со словом «беда». Такое прозвище мог получить человек, на долю которого выпало много несчастий и бед. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Бедун, со временем получил фамилию Бедунов. Сведения о представителях фамилии Бедуновы содержатся в некоторых архивных документах. Так, в Книге памяти Красноярского края есть запись о Бедунове Якове Ивановиче, который родился в 1873 году и проживал в деревне Кизенжуль Шалинской волости Красноярского округа Енисейской губернии.