Фамилия Бегалы стоит особняком в русском ономастиконе: она не вписывается в привычные модели на -ов, -ин или -ский. Её основа — явно тюркская, и чтобы понять её происхождение, нужно смотреть не на восточнославянские суффиксы, а на составное имя.

«Бегалы» — это усечённая форма от тюркского имени Бегалы, которое восходит к двум корням: «бек» (князь, господин, начальник) и «алы» (возможно, от арабского «али» — высокий, возвышенный). В таком прочтении имя означает «высокий (или великий) господин». Вторая версия связывает компонент «алы» с тюркским «ал» — брать, и тогда имя можно перевести как «возьми (себе) бека», то есть пожелание иметь сына-князя или покровителя. Оба толкования встречаются в тюркской антропонимии, но первое — «великий бек» — более распространено.

Фамилия эта — отчество в чистом виде, то есть прямой ответ на вопрос «чей?»: сын Бегалы. В русской среде такие фамилии могли закрепиться без изменений (как иноязычное вкрапление) или, реже, получить русский суффикс -ев: Бегалыев. Однако форма без суффикса — Бегалы — встречается чаще и говорит о том, что носитель или его ближайшие предки не были крепостными, а сохраняли родовое имя как фамилию.

Географически фамилия тяготеет к регионам с тюркским населением: Казахстан, Киргизия, Башкортостан, Татарстан. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков она не фиксируется — это позднее заимствование, которое вошло в российский обиход в основном в XIX–XX веках вместе с переселенцами из Средней Азии и Поволжья.

Социальный контекст прост: предки носителей фамилии Бегалы — это люди, чьи отцы носили статусное имя Бек/Бегалы. Скорее всего, они принадлежали к военно-служилой или родовой знати (кочевой аристократии), но со временем фамилия распространилась и среди простых скотоводов и ремесленников, которые брали имя предка как фамилию. Никакой «крестьянской» или «духовной» версии для этой фамилии нет — она целиком лежит в тюркской ономастической традиции.