Фамилия Бегеретова — редкий случай в русском ономастиконе. Её основа, «Бегерет», не встречается ни в крестильных святцах, ни в распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русским суффиксом -ов/-ев. В тюркских языках «бегер» или «бегир» может восходить к слову «бек» (господин, князь), а формант -ет — уменьшительный или принадлежащий (то есть «Бегерет» — «маленький бек» или «сын бека»). В таком случае фамилия указывает на знатное происхождение предка-тюрка, который перешёл на русскую службу или жил среди русских.

Форму Бегеретова мы видим в женском роде, что типично для фамилий на -ов/-ев в русском языке. Мужской вариант — Бегеретов. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Бегеретов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Бегерет. Такая модель была основной для формирования русских фамилий в XVI–XIX веках, особенно среди крестьян и мещан, но в случае с тюркской основой могла закрепиться и у служилых татар или башкир.

Географически фамилия тяготеет к регионам смешанного русско-тюркского населения: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается и в Осетии, где окончание -ова часто добавляют к фамилиям осетинского происхождения, но корень «Бегер» для осетинского языка нехарактерен. Поэтому наиболее вероятна именно тюркская версия.

Споров вокруг фамилии почти нет. Альтернативная гипотеза — связь с диалектным русским словом «бегереть» (суетиться, бегать), но оно крайне редкое и не даёт устойчивого прозвища. Гораздо правдоподобнее, что предок носителя фамилии был тюркским «беком» или его потомком, а фамилия закрепилась в русской среде как указание на его происхождение.