Фамилия Бекетнова — женская форма, а мужская, Бекетнов, образована от прозвища или нецерковного имени Бекет. В русской ономастике это довольно редкий случай, когда основа не очевидна с первого взгляда и не связана с распространёнными ремёслами или внешностью.

Самый вероятный корень — тюркский. Слово «бекет» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «укреплённое место», «застава», «караул». Прозвище Бекет мог получить человек, который нёс сторожевую службу, жил на заставе или владел укреплённым хутором. В русских говорах слово «бекет» тоже встречалось — им называли сторожевой пост или небольшой укреплённый пункт, особенно на южных и восточных окраинах государства. Таким образом, предок Бекетновых мог быть стрельцом, казаком или служилым человеком, охранявшим границу.

Суффикс -ов в фамилии указывает на стандартную модель русских фамилий XVI–XVII веков: «чей?» — Бекетов, то есть сын Бекета. Форма Бекетнова — это притяжательное прилагательное в женском роде, закрепившееся за женщиной. Такие фамилии на -ов типичны для крестьянского и мещанского сословий центральной России и Поволжья.

Встречается фамилия в основном в регионах бывшего Казанского ханства и на юге России — в Саратовской, Самарской, Оренбургской областях. Встречаются и однокоренные варианты: Бекетов, Бекетовский. Разница в суффиксе (-ов vs -овский) может указывать на более позднее происхождение или на дворянский статус, но для Бекетновых характерен именно простой «крестьянский» суффикс.

Менее правдоподобная, но возможная версия — от имени Бекет как уменьшительной формы крестильного имени Венедикт (через народное Бенедикт → Бекет). Однако тюркская версия надёжнее, так как имя Венедикт было редким в крестьянской среде, а прозвищная основа с чётким значением «страж» логично вписывается в историю русского пограничья.