Фамилия Белишева — женская форма, образованная от мужской Белишев. В основе фамилии лежит прозвище Белиш, которое, скорее всего, связано с прилагательным «белый». Однако в народной речи у этого слова было несколько значений, и не все они касались цвета. Прозвище Белиш могли дать человеку с «белой», то есть чистой совестью или добрым нравом. В русских пословицах «белый» часто означал «милый, дорогой, незапятнанный»: «Рубаха черна, да совесть бела», «Выдь на крыльцо, покажи свое белое лицо». Такое прозвище могло закрепиться за человеком честным или, наоборот, иронично — за того, кто любил чужими руками работать («Белые ручки чужие труды любят»).

Есть и другая, более конкретная версия. В Московской Руси «обеленными» называли крестьян, освобождённых от податей и повинностей. Слово «обелить» означало «сделать свободным, белым» в налоговом смысле. Белишем могли прозвать такого льготника — человека, который не платил тягла. Эта версия правдоподобна, поскольку фамилии, образованные от социального статуса, встречаются часто (ср. Крестьянинов, Бояринов).

Суффикс -ев (в основе Белишев) указывает на принадлежность: «сын Белиша». Фамилия могла возникнуть в северных и центральных областях России, где прозвища на -иш были распространены. В говорах «белиш» иногда означало и просто «беляк» — человек со светлыми волосами или кожей, но эта версия менее вероятна: для таких случаев чаще использовали суффикс -як (Беляк) или -ан (Белан).