Фамилия Белка — одна из тех, что сразу вызывает вопрос: почему не Белкин? Ведь именно суффикс -ин — стандартный способ образовать русскую фамилию от названия животного (ср. Волков, Зайцев, Лисицын). А здесь — окончание -е, которое выдаёт иную, гораздо более редкую модель.

Скорее всего, перед нами не исконно русская, а украинская или белорусская фамилия. В этих языках фамилии на -е (или -а) нередко оставляли в форме чистого прозвища без дополнительного суффикса. То есть предка могли прозвать Белкой за цвет волос, за быстроту, за пугливый нрав или даже за любовь к белкам — и это прозвище закрепилось за потомками без изменений. Фонетически фамилия могла звучать и как «Бiлка» (через «i»), а при записи в русских документах её русифицировали, сохранив окончание.

Вторая, менее вероятная версия — что перед нами редкая форма родительного падежа от мужского имени Белко (уменьшительное от Белослав, Беломир или просто от «белый»). В этом случае «Белке» означало бы «из рода Белко». Но эта модель нехарактерна для славянских фамилий: обычно так образовывались фамилии от имён на -о (Шевченко, Тимошенко), но с суффиксом -енко, а не с чистым окончанием.

География фамилии подтверждает западнорусское происхождение. В современных базах носители Белки встречаются в основном в Беларуси, на западе Украины и в приграничных с ними областях России — Брянской, Смоленской. В центральной России фамилия почти не фиксируется, что косвенно говорит против версии о прозвище от слова «белка» в великорусском говоре. Там бы её переделали в Белкина.

Таким образом, фамилия Белка — это либо украинско-белорусское прозвище, оставленное в исходной форме, либо, что реже, след от архаичного имени. В любом случае, она обошлась без привычного суффикса, и именно это делает её непохожей на соседние «звериные» фамилии.