Фамилия Белкины, как и многие русские фамилии на -ин, — это притяжательная форма: она отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын Белки» или «человек из семьи Белки». В основе лежит прозвище Белка, и здесь мы сталкиваемся с настоящей ономастической загадкой: у этого прозвища может быть как минимум три разных корня, и какой из них сработал в конкретном роду — без генеалогического исследования не скажешь.

Первая и самая очевидная версия — цветовая. Слово «белка» могло быть уменьшительной формой от прилагательного «белый» (сравните: «беляк», «белка» в значении «белый зверёк»). В таком случае прозвище Белка давали светловолосому или бледнолицему человеку. Это типичный для русской ономастики ход: фамилии Беляев, Белов, Белкин стоят в одном ряду.

Вторая версия — поведенческая. Белка — зверёк подвижный, быстрый, юркий. Прозвище могли закрепить за непоседливым, шустрым человеком. Такой способ образования фамилий от названий животных (Зайцев, Волков, Лисицын) был очень распространён на Руси, и Белкин здесь не исключение.

Третья, куда более редкая версия, отсылает не к зверьку, а к деньгам. В Древней Руси «белкой» называли самую мелкую металлическую платёжную единицу — ценой в одну белку. Человек с прозвищем Белка мог быть торговцем, менялой или просто тем, кто имел дело с мелкими расчётами. Эта гипотеза менее вероятна, чем две первые, но полностью отбрасывать её нельзя: в старых писцовых книгах встречаются прозвища, связанные с денежным обращением.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «Белкин» — это «сын Белки». Такая модель была типична для северных и центральных областей России, в то время как на юге чаще использовали суффикс -ов. Поэтому можно предположить, что географические корни фамилии лежат где-то в новгородских или владимирских землях, хотя точных данных о первом упоминании нет.