Фамилия Беняминова — женская форма от Беняминов, а та, в свою очередь, образована от личного имени Бенямин. Имя это восходит к древнееврейскому Биньямин, что означает «сын правой руки». В переносном смысле за именем закрепилось значение «сын любимой жены», «сын старости». В Библии Бенямин — младший сын патриарха Иакова и его любимой жены Рахили. Роды были тяжёлыми, Рахиль умерла, и умирая, назвала сына Бенони — «сын скорби». Однако Иаков, для которого этот ребёнок стал главным утешением, дал ему другое имя — Бенямин. Интересно, что имя распространено не только в иудейской и христианской традиции: его используют и мусульмане, что неудивительно, ведь библейские сюжеты почитаются и в исламе.

Фамилия Беняминова по своей модели — типичная русская фамилия с суффиксом -ов, который присоединился к основе Бенямин. Суффикс -а указывает на принадлежность женщине, то есть носительница фамилии — дочь или жена человека по имени Бенямин. В документах фамилия встречается в среде армянских и еврейских семей, живших на территории Российской империи. Например, в томских источниках зафиксированы Бенямин Вардаевич Беняминов (1928 года рождения), Вартан Ошанович Беняминов (1897 года рождения) и Иосиф Равович Беняминов (1934 года рождения). Судя по отчествам, фамилия закрепилась у народов Закавказья, где имя Бенямин было в ходу, а затем, вероятно, вместе с переселенцами попала в Сибирь.