Фамилия Берберя звучит нехарактерно для исконно русской антропонимической модели. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский, зато есть окончание -я, типичное для украинских, белорусских, а также румынских и молдавских фамилий. Скорее всего, перед нами фамилия южного или западного происхождения, и её основа напрямую связана с этнонимом «бербер» — коренным народом Северной Африки.

Первая и самая прямая версия: фамилию могли дать человеку, имевшему внешность или черты характера, которые окружающие связывали с берберами. В русском языке слово «бербер» долгое время было синонимом «варвара» (через греческое βάρβαρος), но в бытовом обиходе так могли назвать смуглого, темноволосого или просто непохожего на местных жителей человека. В южнорусских и украинских степях, где веками перемешивались народы, прозвище Берберя могло закрепиться за выходцем из Крыма, Турции или с Кавказа — регионов, где знали о берберах по торговым и военным контактам.

Вторая версия — топонимическая. На Балканах и в Молдавии встречаются населённые пункты с корнем Бербер- (например, Берберово в Болгарии или Берберя в Румынии). Фамилия могла образоваться от названия места, где жил предок, по модели «человек из Бербер» + суффикс принадлежности -я. В молдавском языке такой суффикс часто указывает на происхождение: Берберя — «из рода Бербер» или «житель села Берберы».

Третья, менее вероятная версия — связь с тюркским словом «бербер» (парикмахер, цирюльник), заимствованным через итальянское barbiere. В Крыму и на юге России это ремесло было распространено, и прозвище Берберя мог получить брадобрей. Однако в таком случае ударение, скорее всего, падало бы на второй слог (Бербе́ря), а не на первый, как в этническом варианте.

Фамилия редкая, встречается в основном в Краснодарском крае, Ростовской области и в Молдавии. Сословной привязки нет: Берберя могли быть и казаками, и крестьянами, и мещанами. В дореволюционных документах фамилия фиксируется с середины XIX века, что указывает на её относительно позднее оформление — скорее всего, из прозвища, а не из древнего родового имени.